Le Championnat jurassien avaient pour but à l'origine de remplacer une compétition annuelle dont la dernière édition se déroula en 2001 à Delémont. A cette époque, l'idée de séparer les licenciés et non licenciés était déjà à l'ordre du jour.
En 2002 puis 2003, le club de l'Orque Boncourt décida d'organiser au mois de juin une rencontre pour les non licenciés sous la dénomination de Kiddy Cup. Cette réussite encouragea en 2004 les clubs jurassiens à mettre au point le championnat actuel sous la forme d'une rencontre en trois manches dans chacune des villes hôtes à savoir Delémont, Boncourt et Porrentruy.
Cette manifestation se doit de donner à chaque jeune la possibilité de s'initier à la natation sportive en garantissant une compétition de qualité adaptée à l'âge des participants.

Vainqueurs de l'édition 2009: Ultricia Claude et Neal Walker, tous deux du CND.
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